在磋商协议履行纠纷中，应根据中共中央办公厅、国务院办公厅《生态环境损害赔偿制度改革方案》《最高人民法院关于审理生态环境损害赔偿案件的若干规定（试行）》以及生态环境部、最高人民法院等十四部委《生态环境损害赔偿管理规定》的有关规定，具体审查协议主体是否适格、是否存在违反以罚代赔、以赔代罚等规定的情形，以及是否违反应赔尽赔、修复环境的基本原则，是否不当免除或者减轻生态环境损害赔偿责任。在对具体协议条款内容进行审查时，应区分协议中可磋商内容、限制磋商内容、不可磋商内容以确定协议条款的效力。第一类是可以自由磋商的内容，包括调查评估费用、专家意见等。第二类是限制磋商的内容，包括修复的时间、方式、方法等。第三类是不可磋商的内容，包括案件基本事实、赔偿数额、责任承担等事项。这部分内容需要依据生态环境公共利益的损害现实作出判定，原则上应纳入不可磋商的范畴，不应由双方自由处分。对于可磋商内容的条款以及限制磋商的内容在不违反公共利益的情况下，可按有效条款处理，按协议约定各自履行，存在不可磋商内容的条款不发生效力，应按照法律规定对条款内容经调整后再履行。